Además de los trabajos de restauración paisajística realizados hace unos años y la vigilancia y prevención de incendio, la conservación y recuperación de la flora del parque es una de las principales tareas de conservación. Como ejemplo los programas de rescate del escasísimo cardo de plata (Stemmacantha cynaroides) o del rosal del guanche (Bencomia exstipulata) ambos con escasas poblaciones salvajes. Tras los estudios realizados con las poblaciones naturales tanto de su biología como de su genética y su reproducción en vivero, se ha pasado al reforzado de los efectivos naturales. El jardín botánico del Centro de Visitantes del Portillo incluye una importante muestra de la flora del parque e incluye muchas de las especies que por su escaso número deben ser protegidas.
También el estudio de la incidencia de los herbívoros introducidos (conejo y muflón) sobre la vegetación del parque, es una línea de investigación de gran importancia para la gestión del territorio; son característicos los vallados experimentales que se instalan con este fin o simplemente se instalan para proteger a ciertas especies de su influencia.
Por otro lado la lucha contra las especies exóticas, que proliferan en las áreas más visitadas del parque, es otra de las herramientas de conservación que la administración del parque utiliza para mantener el territorio en perfecto estado.
