La flore vasculaire du parc se compose de 313 taxons. En outre, 146 taxons ont été décrits entre bryophytes, champignons et lichens. En ce qui concerne la flore marine on a identifié un total de 105 taxons.

L'île compte avec des espèces endémiques comme: Aeonium lancerottense , Allium subhirsutum obtusitepalum , Echium lancerottense var. Lancerottense , Helichrysum monogynum et Policarpaea robusta .

De toutes les espèces enregistrées dans le parc national, 22 sont classifiées dans une catégorie de protection et 2 d'entre elles, l' Asparagus nesiotes purpuriensis et l' Aichryson tortuosum sont inscrites comme vulnérables, selon la loi du Catalogue Canarien d'Espèces Protégées.

Les lichens crustacés s'établissent dans les zones près de la côte, formant sur la roche une croûte verruciforme ou granulée. Dans les 'malpaíses' apparaissent de denses populations du lichen Sterocaulum vesubianum, qui donnent un aspect blanchâtre au côté nord de la coulée. Les édifices volcaniques plus élevés, influencés par les alizés, présentent des tonalités jaune-verdâtres avec des populations de différentes espèces du genre Ramalina , prédominant la R. bourgaeana .

Dans les lieux qui n'ont pas été recouverts par les coulées, on trouve un autre type de végétation, plus haute, et qui présente des structures adaptées à des conditions défavorables, des feuilles transformées en arêtes, des racines superficielles ou des tiges et des feuilles succulentes. Ainsi, à El Mojón, Halcones, Juan Perdomo ou à la Montaña Termesana, les espèces les plus abondantes sont la 'tabaiba' douce ( Euphorbia balsamífera ) et le 'berode' ( Kleinia neriifolia ), accompagnés du 'espino de mar' ( Lycium intricatum ), le 'sogal' ( Salsola vermiculata ) et la 'algauera' ( Chenoleoides tomentosa ).

Dans les zones dégradées, la 'ahulaga' ( Launaea arborescens ) se signale par sa grande capacité colonisatrice. Elle est utilisée dans les démonstrations géothermiques à l'Islote de Hilario. À côté de celle-ci, la 'barrilla' ( Mesembryanthemum crystallinu m), le 'cenizo' ( Chenopodium murale ) et la mauve ( Malva parviflora ) forment des petits pacages aux sols riches en nitrogène.

Le lapilli qui couvre de vastes étendues dans le parc national présente certaines caractéristiques qui favorisent la colonisation des plantes, en démontrant une forte capacité pour réduire l'évaporation, empêcher le ruissellement et maintenir l'humidité. Ces terrains ont été colonisés par des espèces comme la 'malvarrosa' ( Pelargonium capitatum ), la 'vinagrera' ( Rumex lunaria ) ou le jonc ( Juncus acutus ), lesquelles, dans les zones avec une humidité édaphique élevée, se disposent en formations linéaires, comme dans les pentes du Massif del Fuego.

Dans la ceinture halophile côtière (près de 8 kilomètres) et soumises à une forte influence de la rosée de la mer, on trouve des espèces capables de supporter, et même d'attraper l'eau des vents marins, malgré sa haute teneur en sel. Parmi les espèces les plus représentatives et abondantes de ce 'matorral' côtier se distingue la 'uva de mar' ( Zygophyllum fontanesii ), que, dans certains lieux comme à El Mojón, se fait accompagnée par le thym marin ( Frankenia capitata ).

Les fonds rocheux du littoral du Parc National sont tapissés par des algues, qui constituent une importante source d'alimentation pour de nombreuses espèces marines.