Las islas fueron escenario de uno de los primeros episodios del levantamiento militar, el viaje del entonces Capitán General de Canarias, General Francisco Franco, desde Tenerife hacia Gran Canaria, y de allí en secreto hacia el norte de África para ponerse al mando de algunas de las primeras unidades sublevadas. El General Franco se fue convirtiendo en la cabeza visible de las tropas rebeldes en el transcurso de la contienda, para acabar siendo el Jefe del nuevo Estado al concluir la misma. A pesar de que en Canarias no hubo combates propios de un conflicto armado a gran escala, sí se ejerció una represión sistemática por parte de los partidarios de la sublevación y del emergente régimen militar sobre aquellas personas que se habían significado por su apoyo a la República, al régimen democrático liberal y a la defensa de los derechos sociales y laborales desde posicionamientos políticos y sindicales socialistas, anarquistas y comunistas. Se calcula que en torno a dos mil personas fueron asesinadas por motivos políticos en todo el archipiélago. Aún hoy se desconoce la localización exacta de los restos mortales de muchas de estas víctimas, como el significativo ejemplo del alcalde republicano liberal de Santa Cruz de Tenerife D. José Carlos Schwartz.
El periodo conocido como Dictadura franquista, o simplemente Dictadura o franquismo (1939 – 1975), estuvo marcado en Canarias por la supresión y represión de las libertades y derechos democráticos civiles de la época republicana. Comenzó con la creación del Mando Económico de Canarias (1941 - 1946), un órgano de carácter militar encargado de la gestión administrativa y económica, y del control social del archipiélago. Con una economía interna devastada por la Guerra Civil y la parálisis del comercio internacional derivada de la Segunda Guerra Mundial (1939 - 1945), el Mando Económico aplicó una política socio-económica de carácter autárquico e intervencionista, basada en el racionamiento, el control de precios y el Fondo de Obras Sociales como herramientas para paliar la crítica situación social de posguerra. Es en este momento en el que se produce un giro fundamental en la economía isleña, al dejar de ser Gran Bretaña el principal receptor de los productos agrícolas de exportación en favor de la España continental. En este contexto comenzó el que acabaría siendo un masivo movimiento migratorio, ilegal y legal, desde Canarias hacia países de latinoamérica y Europa, principalmente Venezuela y Alemania, que se prolongó hasta los años 70 del siglo XX. La economía Canaria no comenzaría a crecer hasta el inicio del denominado desarrollismo económico, en la década de los 60, ya bajo administración civil, basado en el inicio de la explotación de las industrias del turismo y la construcción.
Tras la muerte del dictador Francisco Franco se inició la etapa conocida como la Transición (1975 - 1977), en la que se encadenaron en muy poco tiempo acontecimientos como la proclamación del Rey Juan Carlos I como sucesor en la Jefatura del Estado, la autodisolución de las Cortes franquistas, la legalización de los partidos políticos y la convocatoria de elecciones democráticas, las primeras desde 1936, para establecer las Cortes Constituyentes. Los votantes canarios otorgaron una aplastante victoria electoral a la Unión de Centro Democrático (UCD), el partido del sector reformista del régimen franquista, que obtuvo 10 de los 13 diputados que aportaba el archipiélago al Congreso. Siendo los 3 restantes para el socialdemócrata Partido Socialista Obrero Español (PSOE), que consiguió aglutinar el voto de gran parte de la oposición al régimen por encima de otras entidades y organizaciones destacadas de la clandestinidad antifranquista como el Partido Comunista de España (PCE).
Las nuevas Cortes aprobaron la vigente Constitución Española (1978), dando inicio a la actual etapa democrática, caracterizada por la creación del sistema político-administrativo autonómico, la recuperación de las libertades y derechos civiles y democráticos, y el establecimiento embrionario del Régimen Económico y Fiscal canario (REF). La gestión administrativa del archipiélago correspondió durante este periodo a la Junta de Canarias (1978-1983). El Estatuto de Autonomía de Canarias se aprobó en 1982, recogiendo la división provincial del archipiélago, la capitalidad compartida de la Comunidad Autónoma entre Santa Cruz de Tenerife y Las Palmas de Gran Canaria y la creación de instituciones de autogobierno como el propio Gobierno de Canarias y el Parlamento autonómico. A partir de ese momento se han sucedido diversas elecciones autonómicas para la conformación del citado Parlamento de Canarias, que a su vez designa al Presidente del Gobierno autonómico. Estos comicios estuvieron dominados en una primera etapa (1982-1993) por el PSOE y el Centro Democrático y Social (CDS), uno de los herederos de la extinta UCD. Y en una segunda etapa por el conservador Partido Popular (PP), el PSOE y Coalición Canaria (CC), partido nacionalista que ha gobernado el archipiélago ininterrumpidamente desde 1993 hasta la actualidad, a través de pactos con los dos anteriores.
Tras la entrada de España como miembro de pleno derecho en la Unión Europea en 1986, y sobre todo tras el establecimiento del Fondo Europeo de Cohesión (1993), apuntalado en el REF, Canarias conoció una época de expansión económica sin precedentes basada en el turismo, la construcción y la exportación de productos agrícolas subvencionados (plátano y tomate fundamentalmente). Por primera vez en la Historia del archipiélago, Canarias se convirtió en territorio receptor de emigrantes extranjeros, latinoamericanos mayoritariamente. Esta etapa llegó a su fin entre 2007 y 2009 con el inicio de una crisis financiera global que produjo una gran contracción del crédito privado y de los ingresos públicos, lo que en Canarias se tradujo en el desplome de la industria de la construcción y el sector servicios relacionado con el consumo, con el consiguiente aumento de las tasas de desempleo. El turismo fue el sector económico que mejor soportó este periodo. En la actualidad (2016) se intentan recuperar paulatinamente las cifras económicas anteriores a la citada crisis, en medio de un debate de dimensiones internacionales sobre cuál es el mejor mecanismo para estimular la recuperación económica, o bien las políticas económicas de contención del gasto público (conocidas popularmente como políticas de austeridad) o las de estímulo, basadas en el aumento de dicho gasto público.