La Dirección del Servicio Canario de la Salud realiza funciones de regulación interna de los servicios, gestión económica y contable, ejecución y evaluación, conforme se determina en la Ley Territorial 11/1994, de 26 de julio.

La Dirección del Servicio ejerce las siguientes atribuciones:

- Cumplir y hacer cumplir las disposiciones que regulan la actuación del Servicio Canario de la Salud y los acuerdos adoptados por el Gobierno, Consejero competente en materia de sanidad y Consejo de Dirección en las materias que son de su respectiva competencia.
- Adoptar medidas preventivas de protección de la salud cuando exista o se sospeche razonablemente la existencia de un riesgo inminente y extraordinario para la salud, tales como órdenes generales y particulares de hacer, no hacer o tolerar, suspensión del ejercicio de actividades, cierres de empresas, centros o establecimientos o de parte de sus instalaciones, intervención de medios materiales y personales y cuantas otras se consideren sanitariamente justificadas.
- Autorizar la creación, modificación, traslado y cierre de los centros, servicios y establecimientos sanitarios y sociosanitarios, si procede, y el cuidado de su registro, catalogación y acreditación así como supervisión, control, inspección y evaluación.
- Impulsar, coordinar, inspeccionar y evaluar los órganos y actividades del Servicio Canario de la Salud.
- Dictar las instrucciones y circulares relativas al funcionamiento y organización internos del Servicio Canario de la Salud, sin perjuicio de las facultades del Consejo de Dirección.
- Ejercer la jefatura del personal del Servicio, sin perjuicio de la atribución del Consejero competente en materia de sanidad.
- La ejecución del presupuesto del Servicio conforme a la Ley 7/1984, de 11 de diciembre, de la Hacienda Pública de la Comunidad Autónoma de Canarias, y las facultades de órgano de contratación.
- Autorizar gastos según los presupuestos del Servicio.
-Es competencia de la Dirección del Servicio la facultad de decretar la intervención administrativa de una actividad, bien, centro o establecimiento, para eliminar la repercusión excepcional y negativa en la salud de los ciudadanos.

Además asume las competencias en materia de ordenación e inspección farmacéutica de la extinta Dirección General de Farmacia.

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