La Secretaría General se equipara en sus funciones a las Secretarías Generales Técnicas de los Departamentos de la Administración Pública de la Comunidad Autónoma.

Corresponde a la Secretaría General las siguientes funciones:

- La coordinación administrativa general del Servicio y las relacionadas con su organización y procedimientos de actuación, así como las relativas a la atención de solicitudes y reclamaciones de los usuarios de los servicios sanitarios y las relativas a las prestaciones no sanitarias.
- La asistencia técnica a los órganos del Servicio y la preparación de informes de la normativa que les afecte.
- La elaboración de las propuestas y planes de actuación en sistemas de tratamiento de la información y comunicación de órganos y unidades del Servicio, así como la coordinación de la información básica acerca de la estructura, funcionamiento y resultados del Servicio Canario de la Salud.
- La resolución de los procedimientos de reintegro de gastos a los beneficiarios de la asistencia sanitaria de la Seguridad Social cuando excedan de un millón de pesetas y no superen la cantidad de cinco millones.
- La tramitación del procedimiento para la expedición de la tarjeta sanitaria canaria y del documento sanitario de inclusión temporal.
- Cuantas otras funciones se le deleguen y cualesquiera otras que se atribuyan reglamentariamente.

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