De acuerdo con la ley de creación del Parque Nacional de Timanfaya, la administración de éste tiene como objetivos principales asegurar la conservación de los recursos naturales y culturales, restaurar los ecosistemas dañados, desarrollar un sistema de uso público compatible con la conservación de los recursos, efectuar actividades interpretativas y de educación ambiental que favorezcan el respeto de los ciudadanos hacia el parque, realizar los estudios necesarios para garantizar una base científica en la gestión y favorecer el desarrollo sostenido del entorno socioeconómico del parque.
Aún siendo Timanfaya un parque declarado por sus valores paisajísticos y geológicos, los procesos naturales tienen una gran importancia. Estos hábitats constituyen el hogar de multitud de plantas y animales, especies muy interesantes, entre ellas especies protegidas y algunos endemismos canarios por lo que el parque se convierte en refugio y lugar de estudio de estas especies; uno de los principales objetivos de gestión establecidos en el PRUG es la puesta en marcha de programas de rescate genético de las especies en peligro de extinción. Todo el conjunto forma un lugar de alto nivel de biodiversidad. Uno de los objetivos a alcanzar en las distintas actuaciones que se llevan a cabo en el parque es mantener estos niveles de biodiversidad.
En el parque se vienen realizado labores de control sobre especies alóctonas de carácter invasor como Nicotiana glauca y Rumex lunaria, arrancando plantas.
Timanfaya es el único de los parques canarios que incluye en sus límites zona litoral. En la actualidad se están llevando a cabo actuaciones para desarrollar una adecuada gestión del uso público, los residuos en el litoral procedentes de la mar y el mantenimiento tradicional de la pesca y el marisqueo. Todo ello debe ir unido a una mejora del conocimiento científico sobre el medio que sirva de base para una mejor gestión, por lo que se están realizando estudios para disponer del mayor número de datos posible sobre el medio natural y los aspectos culturales del parque.