Les espèces énumérées ci-dessous sont inclues dans les catégories "en danger d'extinction" (EX) et "vulnérable" (UEV) , selon le Catalogue Espagnol d'Espèces Menacées ou le Catalogue Canarien d'Espèces Protégées:

L'abondance de cours d'eau dans le cadre du parc favorise la présence d'une multitude d'espèces liées, d'une façon ou d'autre, avec eux. Une des plus frappantes par sa grande taille est le scarabée Meladema imbricata, mais il est également possible d'observer des punaises ('chinches') adaptées à des domaines aquatiques, comme le zapatero canarien ( velia lindbergi ). Associées à ces milieux on trouve des libellules, entre lesquelles il faut noter l'Anax imperator par sa taille et l'intense couleur bleue des mâles. Bien qu'ils soient des insectes volants, ils ont besoin de l'eau pour la mise des oeufs.

Parmi les insectes coléoptères, il faut souligner la présence du Buprestis berthelotii , un coléoptère endémique des Canaries dont les larves se nourrissent du bois mort des pins, et de la Pimelia laevigata laevigata , dont la sous-espèce est endémique de l'île. Également endémique de La Palma, on constate la présence, dans le parc national, de la petite mante Pseudoyesinia canariensis.

Le milieu cavernicole constitue un écosystème très particulier dont la distribution n'est pas associée à aucune altitude en particulier, pouvant apparaître depuis le Sommet jusqu'à la côte. Les grottes connaissent des conditions particulières, caractérisées par l'absence de lumière, des températures stables et un haut niveau d'humidité. Il y a une presque total absence de végétation et les espèces d'invertébrés qui y vivent présentent des adaptations au milieu, telles que la perte ou la diminution des yeux, l'allongement des pattes et des antennes et la perte de pigmentation. L'isolement des grottes les unes des autres et le faible échange génétique a produit un processus de différenciation spécifique donnant lieu à des endémismes. À l'intérieur du parc se trouve la Cueva de Los Andenes, dans laquelle on a constaté la présence de deux scarabées cavernicoles endémiques, le Domene benahoarensis et le Trechus benahoaritus, mais qui ne sont pas exclusifs du parc.

En ce qui concerne les vertébrés, les oiseaux constituent le groupe le plus représentatif, occupant tant les zones boisées comme les zones rocheuses et ouvertes. Parmi toutes les espèces, il faut noter la colombe rabiche ( Columba junoniae ), un endémisme canarien. À La Palma, il y en a les meilleures populations, dont le milieu le plus fréquent est le versant nord-ouest de La Caldera. Elle vit dans les ravins humides et nidifie dans le sol.

L'oiseau le plus représentative de l'île c'est la graja ( Pyrrhocorax pyrrhocorax barbarus ), un corvidé de petite taille au bec et pattes rouges, lequel, aux Canaries, se trouve uniquement sur cette île, alors que le poste de principal charognard du parc l'occupe le Corbeau ( Corvus corax ), qui nidifie sur les parois rocheuses de la chaudière.

Entre les rapaces on peut identifier le 'cernícalo' (la buse) ( Falco tinunculus canariensis ), la 'aguililla' ( Buteo buteo insularum ) et le 'gavilán' ( Accipiter nisus Granti ), mais il est aussi présent le 'hibou chico' ( Asio otus canariensis ), d'habitudes nocturnes.

Liés aux ruisseaux et aux ravins, on peut observer la 'alpispa' ( Motacilla cinerea ), le 'mirlo' ( Turdus merula ), le 'petirrojos' ( Erithacus rubecula rubecula) et la 'curruca capirotada' ( Sylvia atricapilla ). Il y a une autre espèce de 'curruca' qu'on peut voir dans les sommets, la 'curruca tomillera' ( Sylvia conspicillata ).

Il existe uniquement deux espèces de reptiles dans le parc national, le lézard ( Galiotia galloti palmae ), qu'on observe très souvent, et la 'salamanquesa' ( Tarentora delalandii ), dont les habitudes nocturnes le permettent de passer inaperçue. En ce qui concerne les amphibiens, Il existe également une espèce introduite, la Rana commune ( Rana perezi ).

À l'intérieur du parc national, on peut observer 3 espèces de chauves-souris. Le plus courant est la chauve-souris de Madère ( Pipistrellus Maderensis) , de petite taille et qui apparait aussi dans les îles de El Hierro, La Gomera et Tenerife. La chauve-souris rabudo (à grande queue) ( Tadarita teniotis) , on la trouve également dans les limites du parc, bien que moins fréquemment. Quelques fois on a constaté la présence del murciélago orejudo (la chauve-souris aux grandes oreilles) ( plecotus teneriffae).

Dans le parc national se distribuent 6 espèces de mammifères: des chats, des rats et des souris, et aussi des lapins, des chèvres et des 'arruis' qui ont été apportées par l'homme, provoquant d'importants dégâts tant dans la flore comme dans faune autochtone. Dans le parc national se distribuent 6 espèces de mammifères: des chats, des rats et des souris, et aussi des lapins, des chèvres et des 'arruis'. La chèvre et le lapin sont les espèces qui ont altéré davantage la couverture végétale de l'île, en raison de l'importance du pâturage dans le passé et de la présence de lapins pendant toute l'année et dans presque tout le territoire. Actuellement, le pâturage est interdit à l'intérieur du parc, mais on constate toujours la présence d'exemplaires sauvages. L'introduction de l'«arruí» pour la chasse au gros gibier a endommagé gravement la flore de cet espace naturel, mais actuellement, les populations sont maintenues dans des limites modérés, du au contrôle effectué par l'administration du parc et les chasseurs.