Desde 1988 se realizan estudios y proyectos para conocer más de cerca las especies amenazadas y encontrar los medios más adecuados para protegerlas. Se han desarrollado programas de rescate genético de especies de la flora amenazada, como la bencomia de cumbre (Bencomia exstipulata) y la violeta o pensamiento de cumbre (Viola palmensis).

En el año 2005 se aprueba para el ámbito del parque nacional el Plan de Conservación de la Flora del Hábitat de Cumbres del Norte de La Palma, que incluye actuaciones sobre algunas de especies catalogadas en diferentes categorías; en peligro de extinción, la bencomia de cumbre (Bencomia exstipulata); sensible a la alteración de su hábitat, Cerastium sventenii, el tajinaste azul (Echium gentianoides), el retamón (Genista benehoavensis) y el pensamiento de cumbre (Viola palmensis); vulnerable, el tajinaste rosado (Echium wildpretii ssp. trichosiphon) y de interés especial, la lechuguilla (Lactuca palmensis), la falsa conejera (Pterocephalus porphyranthus) y el peralillo de cumbre (Sorbus aria). También se proponen actuaciones con especies no catalogadas de poblaciones escasas que tienen una lenta dispersión de semillas: el escobón (Chamaecytisus proliferus), Ephedra major, el cedro (Juniperus cedrus), Odontites sp., la retama (Spartocytisus supranubius) y la gacia (Teline stenopetala). Durante el mismo año se aprobaron los programas de conservación del cabezón negro (Cheirolophus arboreus), la col de risco (Crambe microcarpa), la corregüela (Convolvulus fruticulosus) y la garbancera (Cicer canariense), para las zonas medias y bajas del parque, y se han realizado siembras con todas ellas, además de pequeñas repoblaciones con Cicer y Convolvulus.

Actuaciones de conservación

Bencomia de cumbre (Bencomia exstipulata). Este matorral endémico de las cumbres de La Palma y de Tenerife está declarado en peligro de extinción desde 1998, por lo escaso de sus poblaciones naturales. En la isla, hasta el año 2010, sólo se conocía una población natural en los acantilados de la cabecera del Barranco de Tajodeque, a 2.100 m.s.n.m. En el inventario realizado en 2011 contaba con 20 ejemplares. En el año 2010 se descubrió una segunda población en la cabecera de Hoyo Verde con 40 ejemplares (de ellos sólo 13 eran adultos), y en 2011, en los acantilados de la cabecera del Barranco de los Cantos se localizó otra población con 55 ejemplares, prácticamente todos adultos. En el mismo año se descubrió la cuarta localidad, en el mismo Barranco de Tajodeque, a una cota de 1800 m.s.n.m., con 11 ejemplares, todos adultos. En 2011 se realizaron siembras y repoblaciones con material de la primera población y en 2012 se ha iniciado la reproducción de los ejemplares de las 3 nuevas localidades, para garantizar la conservación de la diversidad genética de la especie.

Retamón (Genista benehoavensis). Leguminosa arbustiva de gran porte que confiere singularidad al matorral de cumbre palmero. Diezmada por cabras, conejos y por el fuego, es la planta estrella de los trabajos de repoblación que el parque efectúa en colaboración con los escolares. De 10 ejemplares adultos en 1988 se ha pasado a unos 5.000 en 2007.

Violeta o Pensamiento de cumbre (Viola palmensis). Es una especie exclusiva del la isla que está recolonizando de forma natural el territorio, aunque también se llevan a cabo reforzamientos de la población.

Jarilla (Helianthemum cirae). Esta especie, aunque científicamente no está descrita aún, se descubrió a principios de los 90. Se localizó un único ejemplar del que se pudieron recolectar semillas que se están utilizando para repoblar la zona donde se encontró. En 2001 se aprobó un programa de recuperación de la especie y se mantiene una población en el Centro de Visitantes de El Paso, de la que obtiene gran cantidad de semillas. En 2011 se descubrieron 2 nuevas localidades con plantas naturales de Helianthemun cirae en el Valle del Riachuelo, en mitad de acantilados, separadas entre sí unos 2 km, con menos de 30 ejemplares cada una.

Odontites sp. Es un nuevo taxón para el parque y la isla desde los años 90. Recientes estudios morfológicos y genéticos indican una gran proximidad, aunque con algunas diferencias, con la especie presente en Madeira. Aún no se sabe si será descrita como subespecie o nueva cita. Tiene dos poblaciones a unos 2.100 de altitud, en los barrancos de los Cantos de Turugumay y Hoyo Verde. Se está haciendo un seguimiento demográfico de las poblaciones naturales y experimentando con siembras en 24 parcelas distribuidas por las cumbres.

Kunkeliella sp. En el año 2011 se descubre un nuevo taxón perteneciente al género Kunkeliella, en el andén de los Cazones Rotos, a unos 1.650 m de altitud, con 37 ejemplares censados. En 2012  se descubre una nueva población con 8 ejemplares en la cabecera del Barranco de Hoyo Verde. Aún no está clara su posición taxonómica.

En relación a la lucha contra especies exóticas invasoras, en La Caldera se realizaron labores de control de plantas que dificultaban el emplazamiento de las comunidades autóctonas de los enclaves húmedos de fondo de barranco y entorno de los manantiales, en concreto sobre el haragán (Ageratina adenophora), aunque tras varios años arrancando plantas y repoblando con especies autóctonas volvieron a colonizar el parque, desistiendo finalmente de su control. El rabo de gato (Pennisetum setaceum) es otra especie que está tratando de colonizar el parque desde las partes más bajas, aunque en este caso, se erradican todas las poblaciones que se detectan en toda la superficie insular.