Le parc contient la plus forte concentration de la laurisilva canarienne, un écosystème provenant de l'ère tertiaire, qui a disparu du continent en conséquence des changements climatiques survenus au Quaternaire. Dans l’ensemble de l’archipel, la forêt de laurisilva du Garajonay concentre la moitié de la couverture arborée de ce type de végétation en stade mâture, dans des conditions optimales de conservation.