Etwa 1000 Tierarten, die meisten davon wirbellose Tiere, leben im Nationalpark. Die besondere Abgeschiedenheit des Archipels hat einen Endemismus vieler Arten begünstigt, der vor allem in der Welt der Evertebraten sichtbar wird. Innerhalb der Gattung der Wirbeltiere nehmen die Vögel der Lorbeerwälder eine sehr wichtige Stellung ein. Zu den emblematischten zählen zweifellos die Taubenarten “Rabiche” und “Turqué”.

Viele wirbellose Tierarten haben sich an die Nutzung bestimmter Mikrohabitats angepasst oder hängen sogar von speziellen Pflanzen ab. Auf den Blättern finden wir eine endemische Zikade der Gattung “Canariola”, eine alles fressende Heuschrecke “Calliphona” sowie einen Rüsselkäfer der Gattung “Laparocerus”. Rinden und abgestorbenes Holz bieten Nahrung und Unterschlupf für eine große Anzahl von kleinen Kreaturen, wie die Schabe “Phyllodromica” oder der endemische Ohrwurm der Gattung “Guanchia”. Manche Tiere haben sich extrem angepasst, zum Beispiel der seltene Rüsselkäfer “Rhopalomesites euphorbiae”, der sich nur von der vom Aussterben bedrohten Wald-Tabaibas (Euphorbia mellifera) ernährt.

Andere Evertebraten ziehen es vor, sich auf dem Waldboden zu bewegen. Dies ist bei den Weberknechten der Fall sowie bei verschiedenen Arten von Weichtieren, wie bei den auffälligen ”Napaeus” oder bei den falschen Schnecken der Gattung “Plutonia”, unter denen wegen ihrer Länge, die 5cm übersteigen kann, die “Plutonia oromii” besonders hervor sticht. Diese Weichtiere spielen bei der Zersetzung des Pflanzenmaterials eine wichtige Rolle. Auf dem Waldboden ist auch das Vorhandensein von Jagdkäfern markant, wie z.B. der Stinkkäfer “Broscus crassimargo” mit seiner schwarzen Farbe und seinen kräftigen Kiefern, der, wenn er gestört wird oder sich bedroht fühlt, einen starken Geruch von faulen Käse ausscheidet.

Auf einer Insel ist die Artenvielfalt bei Wirbeltieren geringer als auf dem Festland. Das Umringtsein durch Wasser schränkt die Ankunft vieler Arten, insbesondere der Säugetiere, ein. Aus diesem Grund stechen unter den Wirbeltieren mit ihren 28 verschiedenen Arten die Vögel hervor, da es für sie einfacher ist, auf eine Insel zu gelangen.

Was die Raubvögel anbetrifft, so gibt es drei Arten, die tagsüber tätig sind: Der Habicht (Accipiter Nisus ssp.granti), der aufgrund seiner Anpassung an die Wälder (kurze Flügel, langer Schwanz) der wichtigste Raubvogel der kanarischen Wälder und sehr schwierig zu beobachten ist, der “Aguililla” , eine Adlerart, die wegen ihrer Größe und Flugart (Gleiten) herausragt und auch der grösste Brutvogel des Nationalparks ist , sowie der Falke (Falco tinnunculus ssp canariensis), effizienter Jäger kleiner Reptilien und Insekten, der offene Stellen bevorzugt. Die Eule (Asio Otus ssp.canariensis) ist der einzige Nachtraubvogel im Park, da die sehr seltene “Lechuza” (Tyto alba ssp.alba) nicht in den Wald eindringt. Beide Arten sind für die Kontrolle von Ratten und Mäusen von höchster Bedeutung.

Die "Stars" unter den Waldvögeln sind zweifellos beide endemischen kanarischen Taubenarten: Die Turqué-Taube (Columba bollii) und die Lorbeer Taube (Columba junoniae), die wahrscheinlich sehr viel damit zu tun haben, dass es auf den Kanaren Lorbeerwälder gibt, denn sie brachten die Samen vom Kontinent (Lorbeerwälder bedeckten das Mittelmeerbecken vor den Eiszeiten) auf die Inseln. Hierbei handelt es sich um zwei Arten, die perfekt an die Wälder angepasst sind: Die “Turqué”, die in den Bäumen nistet und die “Rabiche”, die es in Plattformen und Klippen tut (beide Arten legen nur jeweils ein Ei, während die meisten Taubenarten zwei legen).

Kleinere Vögel, vor allem Insektenfresser oder Allesfresser, teilen sich mit ihnen das Ökosystem: Der Buchfink (Fringilla coelebs ssp.tintillon), der “Herrerillo” (Cyanistes ssp.teneriffae caeruleus), der “Hornero” (Phylloscopus canariensis), oder der Zaunkönig (Regulus teneriffae ) und der “Calandra” oder “Petirrojo” (Erithacus rubecula ssp.mycrorhynchus). Sie sind alle ziemlich leicht zu erspähen, obwohl sie nicht so zahlreich vorhanden oder so bedeutend wie die Amsel (Turdus merula ssp.cabrerae) sind, die ein Ökologe” ersten Ranges und einer der wichtigsten Samenverteiler des Lorbeerwaldes auf der Insel ist. Obwohl sie nicht zu den Waldvögeln gehören, so findet man im Garajonay auch den Raaben (Corvus corax ssp.tingitanus), den Mauersegler (Apus unicolor), den Kanarienvogel (Serinus canaria) und die “Currucas” (Sylvia sps.).

Reptilien und Amphibien sind selten im “Garajonay” anzutreffen, da es neblig und kühl ist. In den sonnenreichsten Gegenden des Parks findet man jedoch sporadisch die drei endemischen Reptilienarten der Insel: die “Lagarto” (Gallotia caesaris ssp.gomerae), die “Lisa” (Chalcides viridanus ssp.coeruleopunctatus) und die “Pacran” (Tarentola gomerensis), letztere ist in der Nacht aktiv. Die einzige Amphibie, die es im Park gibt, ist der Frosch (Hyla meridionalis).

Von den einheimischen Säugetieren (die selbständig kamen) gibt es nur Fledermäuse. Die vier Fledermausarten, die es auf der Insel gibt, findet man auch im Park wieder: Die Schwanzfledermaus (Tadarida teniotis), die Madeiraflledermaus (Pipistrellus maderensis), die Bergfledermaus (Hypsugo savii) und die Waldfledermaus (Barbastella barbastellus ssp.guanchae ). Ihre bevorzugten Lebensräume sind Risse und Spalten in den Bäumen und in verlassenen Gebäuden.

Andere Säugetiere, die im Garajonay leben, wurden vom Menschen eingeführt. Die Ratte (Ratus ratus), die Maus (Mus musculus), das Kaninchen (Oryctolagus cunniculus) und die wilde Katze (Felix catus) vermehren sich seit hunderten von Jahren auf der Insel. Ihre Vorliebe für Tiere (besonders für Reptilien und Vögel) stellt ein ernsthaftes Problem für die Erhaltung dar. Die Tatsache, dass die Riesenechse von La Gomera (Gallotia bravoana) das gefährdeste Reptil der Erde ist, hat viel mit den Nagern und den verwilderten Katzen auf der Insel zu tun. Die Population einzugrenzen stellt sich als kompliziert und ihre Beseitigung als unmöglich dar.

Einige der einheimischen Arten, die im Park leben, sind vom Aussterben bedroht und in folgender Tabelle angegeben. Sie werden durch Aufnahme in den spanischen oder in den kanarischen Katalog für gefährdete Arten geschützt. Dabei gibt es verschiedene Kategorien: Vom Aussterben gefährdet (EX) und vom Aussterben bedroht (VU).