El programa de conservación se centra sobre seis especies amenazadas. Cuatro de ellas son endémicas de El Hierro: Bencomia sphaerocarpa, Adenocarpus ombriosus, Cheirolophus duranii (cabezón), Sonchus gandogeri, Argyranthemum wentenii; otra presenta dos variedades, siendo la de El Hierro Limonium brassicifolium var. macropterum (siempreviva); por último queda por mencionar Myrica rivas-martinezii (faya herreña) que se distribuye en El Hierro, La Gomera y La Palma.

Las actuaciones que se llevan a cabo son la recolección de esquejes y semillas, propagación y cultivo en vivero, conservación de semillas en bancos de germoplasma, reforzamiento de las poblaciones naturales y realización de algunos censos de población, así como control de las amenazas a través de un dispositivo de vigilancia y mejoras del hábitat, incluyendo la realización de vallados de algunas poblaciones amenazadas por herbívoros. Durante el proceso se efectúa además un seguimiento de dichas actuaciones.