Agotamiento de las pesquerías. Los recursos pesqueros están sujetos a graves problemas de agotamiento relacionados con la sobreexplotación y el consiguiente desequilibrio que se genera en los ecosistemas cuando disminuyen las poblaciones de los predadores naturales, o del alimento de los grandes peces. Esto es lo que ha motivado la proliferación del erizo Diadema antillarum, gran devorador de las algas en los fondos rocosos, cuyas poblaciones no encuentran suficientes depredadores que consigan equilibrarlos.
Construcción inmobiliaria. La construcción de inmuebles o infraestructuras que invaden el dominio público, además de suponer la ocupación privada de un espacio muy necesario para garantizar la calidad de vida y mantener la belleza del paisaje de estas Islas, favorecen la antropización, y la emisión de residuos sólidos y líquidos en espacios marítimos no alterados.
Alteración del perfil litoral. La alteración artificial del perfil litoral por la construcción de infraestructuras o por actuaciones no respetuosas con el medio original, puede ocasionar graves problemas de ocupación de hábitats y eliminación de especies, interrupción de los flujos naturales de corrientes marinas o eólicas que son el motor del movimiento de nutrientes y arena, o dispersión de sedimentos, entre otras consecuencias.