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Entre los Fondos Comunitarios del presupuesto de la UE revisten un papel muy significativo los denominados recursos estructurales. Estos recursos son los denominados Fondos Estructurales Europeos (FEDER, FSE, FEOGA-orientación e IFOP para el período de 2000-2006 y FEDER, FSE para el período 2007-2013) y, también, el Fondo de Cohesión. Tanto los Fondos Estructurales como el Fondo de Cohesión atienden a la finalidad de favorecer un mayor grado de cohesión económica y social en el espacio comunitario, a través de la cofinanciación de las políticas de gasto público desarrolladas por los estados-miembros y dirigidas a la consecución de dicho objetivo.
En el caso de los Fondos Estructurales Europeos, en virtud de lo establecido en los artículos 158 y 160 del Tratado de la UE, dicha finalidad se persigue a través de políticas encaminadas a conseguir un mayor equilibrio entre los niveles de desarrollo de las distintas regiones y territorios que componen la Unión, por lo que su aplicación se inscribe en el ámbito de la política regional.
El Fondo de Cohesión atiende, por su parte, a la finalidad de favorecer el crecimiento económico y la convergencia real de los estados-miembros de la Unión con un menor nivel de desarrollo, intentando garantizar que el crecimiento sea compatible con el mantenimiento de sus equilibrios macroeconómicos y presupuestarios fundamentales.
Desde la Dirección General de Protección de la Naturaleza de la Consejería de Agricultura, Ganadería, Pesca y Medio Ambiente se han venido desarrollando actuaciones en infraestructuras ambientales, que han sido cofinanciadas por el Fondo Europeo de Cohesión y el FEDER.