La Viceconsejería del Sector Primario es el departamento encargado de dirigir, impulsar y coordinar la política agraria y pesquera común, los fondos FEAGA y FEADER, y las agrupaciones y asociaciones agrarias. Para ello, bajo su paraguas se encuentran las direcciones generales de Agricultura, Ganadería y Pesca.

Entre las funciones que realiza este departamento, es quizás la gestión de las subvenciones financiadas por la Unión Europea la más visible pero no la única. La Viceconsejería del Sector Primario también coordina a los cabildos en aquellas competencias que coindiden en materia agraria y pesquera, gestiona los registros especiales, analiza las repercusiones de los programas comunitarios y sus posibles mejoras, y se encarga del reconocimiento de las organizaciones y agrupaciones de productores agrarios y de las organizaciones interprofesionales agroalimentarias de ámbito autonómico, entre otras cuestiones.

Este departamento también juega un papel muy importante en la simplificación administrativa, la formación del personal y el fomento de la constitución de entidades asociativas de comercialización agraria y agroalimentaria.