Bajo la superior dirección del Consejero o de la Consejera, la Viceconsejería de Sector Primario es el órgano superior de apoyo directo al titular o a la titular de la Consejería, encargado de dirigir, impulsar y coordinar el ejercicio de funciones en materia de política agrícola y pesquera común, de fondos agrícolas y pesqueros europeos y de organizaciones, agrupaciones y otras entidades asociativas agrarias o pesqueras.

Corresponde a la Viceconsejería de Sector Primario las funciones que, con carácter general, se les atribuye a las personas titulares de las Viceconsejerías por las disposiciones vigentes, elevándose a 700.000 euros el límite para el ejercicio de las facultades inherentes como órgano de contratación, y además las siguientes:
- Respecto del personal de las unidades administrativas que tenga adscritas directamente, y sin perjuicio del orden competencial establecido en la Ley de la Función Pública Canaria, la Viceconsejería de Sector Primario ostenta las competencias asignadas a las Secretarías Generales Técnicas por las normas de organización de la Administración Pública de la Comunidad Autónoma de Canarias. Contra dichos actos cabe recurso ante la Secretaría General Técnica en los términos previstos para el de alzada en la legislación del procedimiento administrativo común.
- Dirigir, impulsar y coordinar el ejercicio de las funciones de los centros directivos y unidades administrativas de ella dependientes.
- La coordinación con los Cabildos Insulares en aquellas competencias concurrentes referidas en los Decretos de transferencias de funciones y competencias de la Comunidad Autónoma de Canarias a las islas en materia agraria y pesquera.
- La gestión de los registros especiales relacionados con las funciones de carácter específico atribuidas por el reglamento orgánico a dicho órgano superior.
- Ejecutar el Plan de Innovación y Mejora Continua en relación con las áreas materiales que tiene encomendadas.
- Ejecutar, en su ámbito de actuación, el Plan Estratégico o la Estrategia para la igualdad entre mujeres y hombres.
- Planificar anualmente la contratación pública y privada y los encargos a medios propios personificados en relación con las áreas materiales que tiene encomendadas, así como las aplicaciones informáticas necesarias para llevar a cabo sus funciones.
- El fomento de la formación del personal de la Viceconsejería, en relación con sus competencias específicas, en coordinación con la Secretaría General Técnica.
- La gestión de las publicaciones propias de la Viceconsejería, en coordinación con la Secretaría General Técnica y sin perjuicio de las competencias que correspondan a otros departamentos del Gobierno de Canarias.
- La recopilación de información y datos, en relación con sus competencias específicas, al objeto de su tratamiento estadístico, en colaboración con el órgano u organismo de la Comunidad Autónoma de Canarias competente en materia de estadística.
- La elaboración de un informe anual acerca del funcionamiento, coste y rendimiento de los servicios de la Viceconsejería.
- Los encargos a los entes, organismos y entidades que tengan la consideración de medios técnicos propios de la Administración Pública de la Comunidad Autónoma de Canarias, hasta un límite de 700.000 euros.
- La resolución de concesión de las subvenciones convocadas por el Consejero o la Consejera, así como las facultades de comprobación de la justificación de la subvención, y la de dictar la resolución que declare justificada, total o parcialmente, o no justificada la subvención. Contra dichos actos cabe recurso de alzada ante el Consejero o la Consejera en los términos previstos en el procedimiento administrativo común.

Corresponden, asimismo, a la Viceconsejería de Sector Primario las siguientes funciones específicas:

En materia agraria y pesquera:
- La aplicación de las Políticas Agrícola y Pesquera Común en Canarias.
- La revisión de las cantidades de referencia a los productores de plátanos conforme a lo establecido en el Programa Comunitario de Apoyo a las Producciones Agrarias de Canarias.
- La asignación de las cantidades de referencia no asignadas a ningún productor de plátanos conforme a lo establecido en el Programa Comunitario de Apoyo a las Producciones Agrarias de Canarias.
- El reconocimiento de las Organizaciones y Agrupaciones de Productores Agrarios y de las Organizaciones Interprofesionales Agroalimentarias de ámbito autonómico, así como la inscripción, control, asistencia, y promoción de las mismas.
- Asesorar y promocionar a las cooperativas agrarias, sin perjuicio de las competencias que tenga atribuida la Consejería competente en materia de empleo.
- Fomentar las entidades asociativas de comercialización agraria y agroalimentaria.
- Reconocer, inscribir y calificar a las Sociedades Agrarias de Transformación.

Como Director del Organismo pagador le corresponde las funciones que le atribuye el artículo 6 del Decreto 228/2017, de 20 de noviembre, y que se especifican a continuación:
- Ejercer la dirección y coordinación del Organismo Pagador, adoptando las medidas necesarias para el buen funcionamiento y el adecuado ejercicio de sus funciones, pudiendo dictar instrucciones que garanticen la legalidad, eficacia y homogeneidad de los procedimientos del Organismo Pagador.
- Representar al Organismo Pagador en las relaciones con el Organismo de Coordinación y con cualquier otro organismo o entidad en el desarrollo de las funciones del Organismo Pagador.
- Impulsar las modificaciones necesarias para mejorar los sistemas de gestión y control y, en particular, los procedimientos de control para prevenir y detectar las irregularidades y el fraude en los ámbitos de riesgo significativos, llevando a cabo en este sentido iniciativas para asegurar la aplicación de los controles que corresponda efectuar a las áreas de gestión técnica del FEAGA y del FEADER.
- Aprobar el Plan de Auditoría Interna que garantice que todos los ámbitos significativos son auditados al menos cada 4 años.
- Seleccionar conjuntamente con la persona titular del Departamento competente en materia de hacienda, a la entidad financiera en donde se centralizarán los fondos recibidos en la Comunidad Autónoma de Canarias en concepto de subvenciones de los Fondos Europeos Agrícolas FEAGA y FEADER.
- La resolución de concesión de las subvenciones financiadas por el FEAGA y el FEADER. Contra dicho acto cabe recurso de alzada ante el Consejero o la Consejera en los términos previstos en el procedimiento administrativo común.

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