En la actualidad, la composición de la Junta es la siguiente:
La Junta está asistida por un Secretario, que desde su constitución es Antonio Aguiar Díaz.
La Ley 8/1997, de 9 de julio, Canaria del Deporte (B.O.C. 18.7.1997) adscribe orgánicamente a la Junta al departamento competente en materia de deporte, y la configura como un órgano independiente que velará de forma inmediata y en última instancia administrativa por la adecuación a derecho de los procesos electorales y mociones de censura de los órganos de las federaciones deportivas canarias (artículo 70).
El desarrollo reglamentario de sus competencias se encuentra en el citado Decreto 51/1992, de 23 de abril, por el que se regula la constitución y funcionamiento de las Federaciones Deportivas Canarias (B.O.C. 6.6.1992), y en los decretos que lo han modificado posteriormente, cuyo Texto Refundido fue publicado en el Boletín Oficial de Canarias el 14.07.1999.