Después de conseguir el primer premio del Conservatorio Nacional de la Región de Paris en la clase de Jean-Claude Jaboulay en 1996, Fabien Thouand estudió con Jacques Tys y Jean-Louis Capezzali en el Conservatorio Nacional Superior de Música de París, donde ganó por unanimidad el primer premio en el año 2000. En 2001 se matriculó en la clase de perfeccionamiento del profesor Maurice Bourgue en el mismo centro, logrando en ese mismo año el segundo premio en el concurso Internacional Primavera de Praga y el tercer premio del concurso Internacional José Tomassini de Petritoli. Finalmente en mayo de 2002 logró el tercer premio en el Concurso Internacional de Instrumentos de Viento de Toulon.

Su carrera se desarrolló inicialmente en Francia pero más tarde en toda Europa, tocando con diferentes orquestas y grupos de cámara, siendo primer oboe de la orquesta del Teatro de la Monnaie en Bruselas, el Bayerischen Staatsoper en Mónaco de Baviera, la Ópera de Lyon, la Bamberger Symphoniker, la Camerata de Salzburgo, la Bayerischen Rundfunk Orchester, la Deutsches Symphonie-Orchester de Berlín y la Orquesta Sinfónica de Londres. En 2004 ganó la plaza de primer oboe de la Orquesta de la Scala de Milán, cargo que aún mantiene.

Habitualmente toca bajo la batuta de directores de renombre Internacional como Riccardo Muti, Claudio Abbado, Daniel Barenboim, Lorin Maazel, Georges Pretre, Zubin Mehta, Yuri Termikanov, Kurt Masur, Charles Dutoit, Semyon Bychkov, Riccardo Chailly, Valery Gergiev. Después de convertirse en asistente de Jean-Louis Capezzali y Gérome Guichard en el Conservatorio Nacional Superior de Música de Lyon, se convirtió en profesor de oboe en el Conservatorio de Lugano, y recientemente en el Royal College of Music de Londres.

Es artista Buffet-Crampon y toca un oboe Buffet modelo Orfeo.