Canarias presenta numerosos espacios que ya forman parte de Natura 2000 y, junto a Madeira y Azores, ha constituido la punta de lanza del desarrollo de la Directiva de Hábitats

El 28 de diciembre de 2001, la Comisión Europea aprobó la declaración de los 174 Lugares de Importancia Comunitaria (LIC) que habían sido propuestos por la Comunidad Autónoma de Canarias, a través del estado español. Esta decisión fue publicada en el DOCE L5/16, de 9 de enero de 2002, que incluye un anexo en el que se listan los 208 Lugares de Importancia Comunitaria de la región macaronésica, de los cuales 34 corresponden a los archipiélagos de Azores y Madeira y los 174 restantes a Canarias. Posteriormente, en el primer semestre de 2006, el Gobierno de Canarias propuso la designación de tres nuevos LIC (BOC nº 85, de 4 de mayo de 2006). Con fecha de 25 de enero de 2008, la Comisión Europea ha aprobado la primera actualización de LICs de la región macaronésica, la cual incluye los nuevos lugares propuestos y ajusta las superficies de los que ya se encontraban aprobados (DOCE L31de 5 de febrero de 2008) 

Con anterioridad a la designación de LIC, en la Comunidad Autónoma se habían declarado 28 Zonas de Especial Protección para las Aves (ZEPA). A finales de 2006, por acuerdo del Gobierno de Canarias, se ha aprobado la propuesta de 15 nuevas áreas para su designación como ZEPA, ampliándose además las superficies de 12 de las anteriormente designadas (BOC nº226, de 21 de noviembre de 2006)

Tras la publicación, y tal como establece la Directiva de Hábitats en el artículo 4.4, la Comunidad Autónoma de Canarias deberá declarar estos espacios Zonas Especiales de Conservación lo antes posible y en el plazo máximo de seis años.